镇江市交通局是镇江市公路、水运的行政主管部门，内设处室14个，分别是：办公室、组织人事处、宣传教育处、政策法规处（行政服务处）、综合计划处（建设处）、财务处（审计处）、经济管理处、安全技术处、人武部、交战办、监察室、工会工作委员会、团委、港口管理处。下属基层单位12个，分别是：镇江市公路管理处、镇江市航道管理处、镇江市运输管理处、镇江市地方海事局、镇江市交通工程建设管理处、镇江市交通投资建设发展公司、镇江市交通局新区分局、镇江市交通培训中心、镇江市交通局机关服务中心、镇江市交通工程质量监督站、镇江市交通工程招标和投标管理办公室、镇江市交通规划设计院。代管17个改制企业和省属代管单位党组织。
至2007年底，全市公路总里程达6218.852公里、公路网密度达161.6公里/百平方公里，其中高速公路145.504公里、一级公路505.334公里、二级公路702.043公里、三级公路592.567公里、四级公路4255.683公里、等外公路17.721公里。全市二级以上公路比重为21.7%。
内河航道总里程达597.19公里，其中四级航道13.41公里、五级航道29.33公里、六级航道46.21公里、七级航道22.35公里，等外航道485.89公里。通航船闸1座。内河码头泊位71个，码头总延长2422米。
2007年，镇江市公路、水路交通服务业增加值达33.69 亿元，较上年增长17.8%，年度增幅超过全市地区GDP 2.3个百分点。完成公路客运量8743万人次，旅客周转量451902万人公里，同比增长17.5%和35.4%，其中：营业运输量分别增长13%和34%，个体运输量分别增长11.8%和8.7%；完成公路货运量5674万吨，周转量260814万吨公里，同比增长14.6%和17.2%，其中：营业性运输量分别增长14.6%和17.2%，个体分别增长14.7%和17.2%；完成水路货运量511万吨，周转量117089万吨公里，同比分别增长21.1%和21.5%。运力结构进一步优化。客运班车新增中高级客车77辆，累计达977辆，中高级客车的比重达70%，比去年提高了6个百分点。全市新增货车3122辆，其中：新增特种专用货车1775辆，累计达5953辆，占营运货车的48.9%，比上年提高了37个百分点。新增船舶182艘，其中：海船3艘、散装水泥船7艘。谏壁船闸的船舶通过量达到了1.12亿吨，辖区内干线航道货运量近1.5亿吨，创历史最好水平。
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