镇江市交通运输局是镇江市公路、水运的行政主管部门，内设处室15个，分别是：办公室、财务审计处、综合计划处(挂“建设处”牌子)、综合运输处、铁路处、港口管理处、政策法规处(行政服务处与其合署办公)、安全技术处(挂“交通应急管理办公室”牌子)、交通战备办公室、组织人事处、宣传教育处、监察室、人武部(与交通战备办公室合署办公)、工会、团委。下属基层单位13个，分别是：镇江市公路管理处、镇江市航道管理处、镇江市运输管理处、镇江市地方海事局、镇江市交通工程建设管理处、镇江市交通投资建设发展公司、镇江市城市客运管理处、镇江市公共交通总公司、镇江市交通运输局新区分局、镇江市交通运输局机关服务中心、镇江市交通工程质量监督站、镇江市交通工程招标和投标管理办公室、镇江市交通规划设计院。代管14个改制企业和省属代管单位党组织。

　　至2009年底，全市公路总里程达6732.5公里、公路网密度达175公里/百平方公里，其中高速公路153.5公里、一级公路631.1公里、二级公路735.8公里、三级公路769.3公里、四级公路4442. 8公里。全市二级以上公路比重为22.6%。内河航道总里程达597.2公里，其中四级航道18.5公里、五级航道24.3公里、六级航道46.2公里、七级航道22.3公里，等外航道485.9公里。通航船闸1座。内河码头泊位139个，码头总延长7544米。

　　2009年，镇江市公路、水路交通服务业增加值达45.2亿元，较上年增长15.5%，年度增幅超过全市地区GDP1.8个百分点。完成公路客运量13275万人次，旅客周转量801574万人公里，同比增长16.9%和17.6%；完成公路货运量8740万吨，周转量415994万吨公里，同比增长16.7%和16.8%；完成水路货运量665万吨，周转量159998万吨公里，同比增长16.5%和19.5%。运力稳步增长。全市拥有营运载客汽车3941辆，64001座位，比去年同期分别增长7.1%和10.2％；营运载货汽车16094辆，105417吨位，分别比去年同期增长22.1%和33.7%；营业货船479艘，178091吨位，分别比去年同期增长5.7%和22.7%。谏壁船闸的船舶通过量达到了0.95亿吨，辖区内干线航道货运量近1.2亿吨。